在妊娠期间要禁用或慎用以下抗菌药物，非用不可者，应在医生指导下使用。
青霉素：可能引起胎儿严重黄疸，严重时导致胎儿死亡。
链霉素：可能引起胎儿先天性耳聋，骨骼发育畸形。
四环素：可致牙釉质形成不全，引起“四环素牙”，骨骼、心脏畸形，先天性白内障，肢体短小或缺损，新生儿溶血性黄疸，最严重者可出现脑核性黄疸甚至死亡。
土霉素、强力霉素：可使胎儿短肢畸形。
氯霉素：可致新生儿血液循环障碍、呼吸功能不全、发绀腹胀（即“灰婴综合症”）。如在妊娠期大量使用，可引起新生儿血小板减少症、再生障碍性贫血或胎儿死亡。
卡那霉素：可致耳聋。
红霉素：致先天性白内障、四肢畸形等。
庆大霉素：可造成胎儿耳损伤，甚至引起先天性胃血管畸形和多囊肾。
磺胺类药物（以长效磺胺和抗菌增效剂为主）：可致高胆红素血症、脑核性黄疸、畸形。
多粘菌素E、B及万古霉素：服用时间过长，可使孕妇发生急性肾功能衰竭，使婴儿在出生后的3年里易患神经-肌肉阻滞、运动失调、眩晕、惊厥及口周感觉异常。万古霉素还可致婴儿暂时或永久性耳聋。
利福平：可致胎儿畸形。
抗真菌类药物两性霉素B、灰黄霉素、制菌霉素、克霉唑：对孕妇的神经系统、造血系统、肝肾功能可有严重不良反应。灰黄霉素还可导致流产和畸形。
氨苯蝶啶：对孕妇有肝损害、可改变血象。
