本病常需与结肠核、小肠淋巴瘤、溃疡性结肠炎、阿米巴肠炎和缺血性肠炎等相鉴别。
1.与肠结核鉴别
在我国现阶段结结核还比较多的情况下，诊断克隆病首先需除外肠结核，特别是与增殖性肠结核的鉴别非常困难，有时需手术探查，有足够的病理材料才能鉴别，必要时可试行抗结核治疗进行鉴别。二者鉴别见下表，然而最可靠和最主要的鉴别占在于：克隆病不论在病人的肠壁或肠系膜河淋巴结中，都不会有干酪样坏死；而肠结核不论治疗多么彻底，干酪样坏死都不会完全消除。
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克隆病 |
肠结核 |
| 合并闭经及生殖系结核或其他器官结核 |
较少见 |
常见 |
| 腹壁及器官脓肿 |
常见 |
罕见 |
| 便血 |
较多见 |
少见 |
| 肠瘘 |
较多见 |
罕见 |
| 术后复发率 |
高 |
低 |
2.与小肠淋巴瘤的鉴别
克隆病与小肠淋巴瘤有时可相互误诊。二者均有腹块，Ｘ线征有时也不易区别，对类固醇皮质激素均可有较好的反应。鉴别要点是（1）淋巴瘤的一般状况多较克隆病为差，侵蚀肠段的范围较广，克隆病的病变则比较局限或跳跃式；（2）淋巴瘤的X线征常呈较大的指压痕或充盈缺损，而克隆病病变所形成的鹅卵石征为比较均匀的透亮区；（3）并发肠梗阻的机会在淋巴瘤比克隆病为少，并发肠瘘者淋巴瘤罕见。
3.与溃疡性结肠炎的鉴别
关于结肠克隆病的溃疡性结肠炎的鉴别诊断参看溃疡性结肠炎一章。
4.与阿米巴肠炎的鉴别
寻找阿米巴原虫有助于诊断，但慢性阿米巴肠炎难以到阿米巴原虫。据报道，血凝试验是诊断阿米巴肠炎的有用方法。
5.与缺血性肠炎的鉴别
缺血性肠炎为血管供血障碍所引起，发病较急骤，常有便血，早期X线钡灌肠有助于诊断，且其病程一般为4-5周，不呈慢性过程。
