一、未病前的预防
中医学认为本病是由于脾肾虚弱、感受外邪、情志内伤、饮食劳倦等因素导致的。现代医学认为克隆病的发病原因不明确，可能与病毒感染、免疫、遗传因素有密切关系。结合中西观点，可从生活起居、饮食、精神调养、增强体质等几个方面进行预防。
1.生活起居要有规律：
本病多由于素体虚弱，感受外邪而发病，因此生活起居必须谨慎，要注意天气变化，随天气变化增减衣被，阴雨天避免外出，以防外邪侵袭。同时要有严格的作息制度，保证充足的睡眠和休息，以利于身体的健康。
2.禁食生冷不洁食物：
《素问·痹论篇》云：“饮食自倍，肠胃乃伤”。俗语说，病从口入。所以，平时饮食要定时定量，不要暴饮暴食，戒烟、酒等刺激性物品，不食生冷、不洁之品。急性起病时则视病情轻重采取禁食或进流质食物，进入慢性期要吃容易消化的食物，禁忌肥甘厚味之品。
3.精神调养：
《金匮要略》曰：“见肝之病，知肝传脾”。本病关键是脾胃功能失调而引起的，情志失调，暴怒伤肝，肝气横逆易导到本病的发生或加重本病的病情。因此，应注意精神调养，保持心情舒畅愉快，使肝气条达舒畅，以发挥正常的疏泄功能，保证脾胃的受纳运化功能正常运行，使疾病不发生或缩短疗程，促进康复。
4.适当进行体育锻炼：
各人的身体素质不同，兴趣、爱好也有差别，因此每个人可根据自己的情况选择跑步、气功、太极拳等项目进行体育锻炼，这样可增强体质，提高抗病能力。常参加体育锻炼还可促进胃肠的正常蠕动，维持其正常功能。
二、已病后的预防（预后）
本病为一慢性反复发作的疾病。由于病因不明，尚无根本的治愈方法。许多病人在其病程中都会出现一次以上的并发症需要手术治疗，而手术治疗的复发率甚高，有报道可达90%。本病的复发率与病充数范围和病症侵袭的强弱等因素有关。所幸死亡率还不高。此外，本病随病程的延长和年龄的增长，复发率逐渐降低而健康者的比率升高。近年来采用各种治疗措施对多数病人是有效的，可帮助患者度过病情活动期的难关。
