便秘可因神经系统异常或肠道平滑肌病变及肛门括约肌功能异常所致，腹肌和盆腔肌功能异常也会导致便秘。主要的发病机制有：
（1）神经系统病变
直肠壁对便意的感觉损害，传入、传出神经或中枢神经的病变均可引起便秘。
①外源性神经病变：指肠壁以外的神经病变，常有直肠和结肠扩张等。
②内源性神经病变：指肠壁内的神经病变，典型的疾病是Hirschsprung病，另外长期服用泻药后，可引起结肠黑色病，平滑肌萎缩，肌层神经丛被破坏，使便秘加重。
（2） 平滑肌病变
一些结缔组织病及内分泌和代谢性疾病时，病变可累及消化道平滑肌，导致便秘，此外，消化道腔内外的病变引起肠道阻塞，使肠内容物通过受阻，因而到达直肠的粪便很少，不能触发排便反射。肛门、直肠及周围的病变如直肠脱垂、直肠向阴道突出、小肠向会阴方向疝入及肛门狭窄等，可造成排出道解剖上的阻塞。
