藏医艾灸疗法历史悠久，运用广泛，主要用来治疗一些寒性病，如消化不良、胃火衰败、浮肿、水肿、黄水症、瘰疬、炭疽、神经错乱、健忘症、脉病等，其中黄水病和脉病疗效尤佳。在热病的后期，也可运用火灸施治。
艾灸通过封闭脉道要隘，使病邪不致流窜于脉道，从而起到镇痛，治消化不良，化痞块，干黄水的作用，使胃火增生，神志清明。艾灸的制作是一个很精细的过程。一般在秋天择吉日采集艾叶，用棍打碎，再揉成艾绒团。艾绒团的大小看所灸的部位不同而有差别：用于关节者，大小如姆指；用于头部和四肢者，大小如小指尖；用于脉窍者，大小如羊粪粒或制成条形；用于瘰疬和痞块者，大小如诃子；用于小孩胃部者，大小如豌豆。
艾灸取穴，一般有固定的穴位，一种是依据病人自诉症状部位定穴。患病的穴位按之疼痛且舒适，痛点即施灸的穴位，这与汉语中医的阿是穴颇为相似。另一种是分布在全身各个部位的固定穴，医生根据脏腑经络选穴。
藏医常用的灸法有以下四种：
1． 煮法：适用于慢性的顽症，如瘰疬、痞块、痈疖等。
2． 烧法：适用于心风病、黄水病等。
3． 烤法：适用于隆病、虫症、大小便秘闭不通者。
4． 拟法：所用艾柱较小，多用于儿童，惊痛时即可移去。
